Колись Мегатрон зробив спробу атакувати Землю, але був розгромлений автоботами, узятий в полон і відвезений на Кібертрон, де його повинні були передати суду як військового злочинця, разом з його поплічниками. Впевнені, що небезпека минула, автоботи, тим не менш, залишають на Землі невелику групу захисників під керівництвом Оптимуса Прайма. Обережність виявляється не марною - три роки потому Мегатрон повертається і приносить із собою Темний Енергон, за допомогою якого розраховує помститися за минулу поразку. Автоботи знову змушені взятися за зброю. Вони подружилися з декількома земними підлітками, і тепер команда роботів і людей бореться, щоб захистити Землю від десептиконів.

Трансформери: Прайм тривав 3 сезони. Нових епізодів не заплановано.