Події серіалу починаються паралельно до епізоду III: Помста ситхів і продовжуються в перші місяці після нього. Серіал повідає про пригоди загону клонів-коммандос, що шукають своє місце в галактиці, клони з експериментальної партії, які в силу певних генетичних особливостей мають унікальні здібності. Через це вони не потрапили під дію чипів під час Наказу 66, внаслідок чого виявляються небезпечними для нового імперського порядку.

Зоряні війни: Бракована партія тривав 3 сезони. Нових епізодів не заплановано.