Глибоко в каналізації Нью-Йорка ховаються четверо братів-черепашок-мутантів. Рафаель, Донателло, Леонардо та Мікеланджело (вони називають себе Скаженими Псами) ще не досягли підліткового віку, і брати вирушають назустріч новим захопливим пригодам. Вони використовують свої містичні сили ніндзя, щоб навчитися працювати разом як згуртована одиниця і стати командою героїв, мандруючи сучасним світом та іншими прихованими світами. Брати отримують абсолютно новий вигляд, нову зброю та нові сили, відкриваючи приховане місто під Нью-Йорком і знаходячи час на шматок улюбленої піци.

Еволюція Черепашок-ніндзя тривав 2 сезони. Нових епізодів не заплановано.