Могутньому суперзлочинцеві Лорду Дракону вдається вибратися з виміру снів. Тим часом Черепашки Ніндзя знайомляться з черепашкою жіночої статі. Виявилося, що вона була в одній каністрі з Леонардо, Донателло, Рафаелем і Мікеланджело. Її знайшов японський майстер ніндзя Чанг І, добрий друг Сплінтера, який загинув від рук Дракона. Черепашки називають її Венерою Мілоською, на честь статуї богині Афродіти. Вона з допомогою своїх магічних сил допомагає Черепашкам раз і назавжди знищити Шреддера, але перед ними встає нова загроза — могутній Лорд Дракон.

Черепашки Ніндзя: Наступна мутація тривав 1 сезон. Нових епізодів не заплановано.