Далеке майбутнє, 5012 рік. Раптове повітряне вторгнення на Землю прибульців та їхніх машинних форм життя привело людство до межі вимирання. Вцілілі знайшли притулок на Місяці і організували контратаку за допомогою солдатів-андроїдів, щоб відбити Землю. Однак війна заходить у глухий кут, оскільки машинні форми життя продовжують нескінченно розмножуватися. У свою чергу, людство розгортає новий підрозділ андроїдних солдатів як найкращу зброю.

НіеР: Автомата Вер.1.1а тривав 1 сезон. Нових епізодів не заплановано.