Простий японський службовець Рокуро Окадзіма відправляється у відрядження в південно-східну Азію: йому потрібно доставити дуже важливий диск. Все його життя перевертається в той момент, коли на корабель нападають пірати і беруть Рокуро в заручники. Керівник компанії, вирішує позбавитися від диска разом зі службовцем. Щоб вижити, Рок об'єднується з піратами - і тепер він співробітник «Чорної лагуни»! Разом вони б'ються з найманими вбивцями, гелікоптерами і кораблями, а потім відправляються шукати загадковий підводний човен нацистської Німеччини.

Пірати «Чорної Лагуни» тривав 1 сезон. Нових епізодів не заплановано.