Воїн - Ніндзя Літаюча Тінь (Тобікаге) розповідає історію хлопчика на ім'я Джо Майя. Одного разу, Джо, що живе на Марсі, стає свідком битви прибульців. Прибульці з планети Забум атакують принцесу Роміну з планети Родорія, що втекла від імператора Забума, який намагається захопити всесвіт, і здійснили аварійну посадку на Марсі. Де Джо і потрапляє на борт корабля принцеси, що тягне за собою ланцюг подій, що змінюють їх життя. Джо і його друзі використовують трьох могутніх меха-звірів в боротьбі проти імператора Забума і його сил, але обставини складаються проти них. Коли здається, що не залишилося жодної надії, немов з нізвідки з'являється таємничий робот- ніндзя Тобікаге, і приходить на допомогу, його здатність з'єднуватися з трьома механічними звірами дає йому безмежну міць, за допомогою якої Джо бореться з військами Забума...

Ніндзя-воїн Тобікаге тривав 1 сезон. Нових епізодів не заплановано.